在国内公司有两个以上的投资主体时，关于ODI备案的办理主体，可以根据以下情况来确定：

1.相对大股东办理：如果两个以上企业共同开展境外投资，应当由相对大股东在征求其他投资方书面同意后办理备案或申请核准。

2.协商确定：如果各方持股比例相等，应当通过协商后确定由一方办理备案或申请核准。

3.备案或核准结果的通知：如果投资方不属同一行政区域，负责办理备案或核准的商务部或省级商务主管部门，应当将备案或核准结果告知其他投资方所在地的商务主管部门。

此外，关于企业开展实行备案管理的境外投资，中央企业报商务部备案；地方企业报所在地省级商务主管部门备案。

，对于国内公司有两个以上的投资主体时，ODI备案的办理主体主要取决于持股比例和协商结果。相对大股东或经协商确定的一方将负责办理备案或申请核准，并确保其他投资方知悉备案或核准的结果。

以上根据腾博国际刘先生实际办理经验撰写，详情请添加上方微信或致电咨询。